Che cos`è in grado di creare l`uomo? Fin dove può spingersi nella manipolazione genetica per generare una nuova, invincibile razza superiore? La vita di Ryo Takatsuki cambierà radicalmente quando scoprirà di possedere all`interno del suo corpo un Arms: una sorta di agglomerato di nanomacchine autocoscienti in grado di vivere parassitando il corpo dell`individuo ospite e, una volta entrato in azione, di difenderlo rendendolo pressochè imbattibile. La Egrigori, una potente organizzazione segreta, cercherà con ogni mezzo di impadronirsi dell`ARMS di Ryo e di quelli di altre persone come lui, inviando spietati sicari pronti ad uccidere chiunque intralci i loro piani. Ha inizio così il lungo cammino dei giovani possessori degli ARMS per scoprire il loro misterioso passato, sconfiggere le avversità del presente, e riuscire così ad ottenere un futuro differente da quello che altri hanno pianificato per loro.